১৯৭৯ সালে তিনি জামায়াতে ইসলামীতে যোগ দেন এবং ২০০৯ সাল পর্যন্ত দলটির নায়েবে আমির হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৯৬ ও ২০০১ সালে পরপর দু’বার পিরোজপুর-১ আসন থেকে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন। ২০০১ সালে তার প্রচেষ্টায় ইন্দুরকানী উপজেলাকে জিয়ানগর উপজেলায় রূপান্তর করা হয়।

তার ওপর চারবার সরাসরি গুলিবর্ষণসহ একাধিকবার হত্যাচেষ্টা চালানো হয়। ১৯৭৩, ১৯৭৪, ১৯৮৬ ও ১৯৯২ সালে এসব হামলা ঘটে। প্রতিবারই অলৌকিকভাবে রক্ষা পান।

২০১০ সালের ২৯ জুন তার শহীদবাগের বাসা থেকে তাকে গ্রেফতার করা হয়। শুরুতে ধর্মীয় অনুভূতিতে আঘাতের মামলা, পরে ১৯৭১ সালের যুদ্ধাপরাধের অভিযোগ আনা হয়। ২০১৩ সালে ফাঁসির রায় দেওয়া হয়। এরপর আপিলে তার রায় কমে গিয়ে হয় যাবজ্জীবন। প্রায় ১৩ বছর কারাবন্দি ছিলেন তিনি।

তার পরিবার অভিযোগ করে আসছে, তাকে বিনা চিকিৎসায় মৃত্যুর দিকে ঠেলে দেওয়া হয়েছে। তার হার্টে রিং, ডায়াবেটিসসহ একাধিক রোগ থাকা সত্ত্বেও প্রয়োজনীয় চিকিৎসা দেওয়া হয়নি। মৃত্যুর দিন কারাগার থেকে গাজীপুর, সেখান থেকে ঢাকায় নেওয়ার সময় সিসিইউ সাপোর্টহীন অ্যাম্বুলেন্স ব্যবহার করা হয়।

আল্লামা সাঈদী ১৯৭১ সালে যশোরে বসবাস করতেন। যুদ্ধ শুরু হলে নিরাপত্তার জন্য পরিবারসহ বাঘারপাড়ায় আশ্রয় নেন এবং পরে নিজ গ্রামে চলে আসেন। তার বিরুদ্ধে যুদ্ধকালীন কোনো অপরাধের অভিযোগ স্বাধীনতার পরে চার দশক পর্যন্ত কেউ কখনো তোলেনি। ১৮ খণ্ডের ‘স্বাধীনতা যুদ্ধের দলিলপত্র’-এও তার নাম নেই।

তার মৃত্যুর পর লাখো মানুষের অংশগ্রহণে নামাজে জানাজা অনুষ্ঠিত হয়। তার বই, ওয়াজ, ভিডিও, সিডি আজও অসংখ্য মানুষের জীবনধারায় প্রভাব ফেলছে। অনেক অমুসলিম তার ভাষণে আকৃষ্ট হয়ে ইসলাম গ্রহণ করেছেন বলেও দাবি রয়েছে।